Миссия АНО «ЭкоРегион»  заключается в продвижении и внедрении передовых идей, стандартов и методов для экологического благополучия, здорового и устойчивого развития Региона и России в целом, через организацию информационного диалога и осуществление практической деятельности с вовлечением незащищенных слоев населения в эту деятельность.

Развитие действующего АНО как часть «третьего сектора экономики», реализацию конкретных проектов и программ с расчётом на их самоокупаемость и автономную жизнеспособность. 

В процессе реализации принятых проектов и программ развивать социально-экономические механизмы оптимизации природопользования, формирования экологического мировоззрения у промышленных предприятий и граждан, вовлечения в активную природоохранную деятельность, здорового образа жизни широких слоев населения, а также развитие диалога и сотрудничества с местными органами власти.